Екатерина Медичи отказывалась верить в то, что над ее семьей сгущаются тучи. Когда в 1584 году умер ее сын Франсуа, всем стало ясно, что судьба династии Валуа в опасности. У короля не было детей, не было наследников по линии Валуа и его прямым наследником являлся Генрих Наваррский, представитель династии Бурбонов.
Но королева-мать до последнего надеялась, что у ее сына Генриха lll и его супруги Луизы появятся дети. В письме, адресованном герцогине де Немур, Екатерина писала:
Король, мой сын, вернулся из своего путешествия очень здоровым: он гораздо лучше выглядит – таким я его никогда ранее не видела, и пополневшим; а королева, его жена, уже не на диете, она здорова, но слаба;
со времени ее приезда она очень изменилась, а лицо, как мне кажется, округлилось, чего не было с тех пор, как она вышла замуж: если Господу будет угодно, сейчас, когда оба находятся в добром здравии, дать нам ребенка, то мы будем счастливы
Но напрасно Екатерина Медичи ждала. Дети у супружеской четы так и не появлялись.
Генрих lll был крайне непопулярен у народа. Никто не понимал жеманности короля и окружавших его миньонов. Проповедники, видя как он поднимается на кафедру, держа в руках миниатюрную собачку, а потом начинает разглагольствовать перед людьми, ощущали будто над ними насмехаются. Они знали, что Генрих подготавливает место для короля-еретика и говорили, что государь не достоин трона.
А тем временем набирал популярность Генрих де Гиз — истинный католик. Простой люд обожал его и был бы не против, если бы он стал королем Франции.
В 1585 году в стране началась гражданская война трех Генрихов (Валуа, Гиза и Наваррского). Генриха де Гиза поддерживал король Испании Филипп II. Генрих Наваррский получал помощь со стороны ярых гугенотов — немецких протестантов и английской королевы Елизаветы Тюдор. А король Франции, оказавшийся между двух огней, надеялся прекратить войну. Но это вначале, а потом метался от одной стороны к другой.
Екатерина Медичи к тому моменту уже начала плохо себя чувствовать. Ее мучил постоянный кашель, ревматические боли и к ним прибавилась вялотекущая лихорадка. Несмотря на недомогания, она хотела помочь сыну и договорилась, что встретится с лидерами католической Лиги, организованной Генрихом де Гизом.
Лига требовала от короля, чтобы он выпустил эдикт, согласно которому все жители Франции должны были стать католиками, а если протестанты откажутся, то обязаны были покинуть страну, предварительно оставив все материальное имущество.
Генрих согласился и тут же наткнулся на неистовое возмущение короля Наваррского, за которым стояло огромнейшее количество протестантов. Генрих Наваррский начал активно вооружать своих сторонников.
Страна, страдающая от кровопролитной гражданской войны, погрузилась в бедствие и голод. Екатерина поняла, что нужно договариваться с протестантами и прекращать расходы на войну. Но это было не так просто сделать и запущенная «военная машина» продолжала делать свое дело.
А тем временем, парижане везде превозносили герцога де Гиза. В их глазах он был настоящим победителем и справедливым борцом веры, а вот по отношению к королю усиливалась враждебность. Когда папа римский прислал де Гизу почетную шпагу, авторитет Генриха lll был полностью сведен к нулю. Постепенно ненависть Лиги обратилась не только против гугенотов, но и против короля.
В 1588 году Париж устроил бунт против Генриха lll и тот сбежал из города. На улицах города восторженно кричали «Да здравствует де Гиз!».
Завершилось это противостояние коварством короля. 23 декабря 1588 года Генрих де Гиз отправился на заседание. Внезапно перед ним оказались гвардейцы короля, которые напали на него и нанесли герцогу множество ударов кинжалами.
Следом был убит брат Генриха — кардинал Лотарингский.
Новости об этих убийствах Генрих lll лично озвучил своей матери, лежавшей в постели. Для нее произошедшее было ужасно, она понимала, что сын был слишком импульсивным и теперь настроил против себя всех католиков. Разговаривая с капуцином Бернаром д’Озимо, Екатерина Медичи горько произнесла:
Ах! Несчастный! Я вижу, как он стремительно несется навстречу гибели, и боюсь, как бы он не потерял жизнь, душу и королевство
Королева-мать все верно чувствовала, но ей повезло, она не увидела своими глазами крах их династии. 5 января 1589 года Екатерина Медичи скончалась, задохнувшись от легочного удушья. На момент смерти ей было 69 лет.
Ее любимый сын Генрих был смертельно ранен 1 августа 1589 года фанатичным католиком — монахом Жаком Клеманом. Ночью 2 августа 37 летний король Франции испустил дух.
Смерть Генриха III прекратила существование королевской династии Валуа. На французский престол взошел Генрих Наваррский, став Генрихом IV.