Он появился на свет 25 июня 1943 года в Алма-Ате, где во время войны располагался большой госпиталь для раненых солдат. Здесь мама будущего актёра работала медсестрой. С одним из бойцов у неё завязался непродолжительный роман, а когда она узнала, что ждёт ребёнка, возлюбленный уже вернулся на фронт.
Больше они не встречались. Своего отца Володя никогда не видел, мама поднимала его на ноги в одиночку, но при этом никогда плохо не отзывалась о том, кто подарил ей главное счастье в жизни — любимого сына.
Володя рос разносторонним ребёнком. Поначалу мечтал о небе и планировал стать лётчиком, затем увлёкся живописью и делал успехи в качестве юного художника. Однако со временем всё его внимание переключилось на сцену — парень начал заниматься в местном драмкружке и уже не мыслил себя вдали от театра.
Правда на пути к заветной цели у Толоконникова было немало преград. После школы он трижды пытался поступить в один из столичных театральных вузов, но год за годом ему повторяли — с такой внешностью об актёрстве придётся забыть.
Вскоре Владимира отправили в армию. Три года он служил в ракетных войсках и участвовал в самодеятельности. А когда вернулся, вновь попытался поступить в Москву — и вновь провалился.
Его упорству можно было только позавидовать. После четырёх отказов Толоконников не опустил руки и с пятой попытки наконец стал студентом Ярославского театрального училища. Получив заветный диплом накануне своего 30-летия, Владимир вернулся в Алма-Ату, где стал актёром местного ТЮЗа.
А уже спустя год перешёл в лучший театр Казахстана — Республиканский Академический театр русской драмы имени Лермонтова. Здесь Толоконников быстро обрёл своего зрителя — публика любила харизматичного актёра, которому были подвластны самые характерные роли.
Он играл старика и лешего в «Василисе Прекрасной», Луку в «На дне», Квазимодо в «Соборе Парижской Богоматери», Фирса в «Вишнёвом саде», городничего в «Ревизоре». Родной сцене Владимир Толоконников посвятил больше сорока лет жизни, остался верен ей и после успеха в кино.
На экране Владимир Толоконников впервые промелькнул в боевике «Последний переход», правда тогда его имя даже не попало в титры. После этого он снялся ещё в нескольких картинах на «Казахфильме», но роли были малозаметные.
Всё изменилось, когда режиссёр Владимир Бортко начал поиски актёра на роль Полиграфа Полиграфовича Шарикова в фильме по только что опубликованной повести Булгакова «Собачье сердце».
На яркую роль претендовали Валерий Носик, Владимир Стеклов и Алексей Жарков, а худсовет настаивал на кандидатуре Николая Караченцова, который хорошо показал себя на пробах. Однако режиссёр сомневался: у Караченцова было амплуа героя-любовника, а для фильма нужен был пёс и алкоголик в одном лице.
Поиски затягивались. Бортко разослал в театры по всей стране телеграммы с просьбой выслать фото «самого уродливого актёра». Приплюснутый лоб, большой рот, оттопыренные уши — такого претендента искал режиссёр. И каково же было его удивление, когда к нему в руки попал снимок никому не известного алматинского актёра Владимира Толоконникова.
С фотографии на Бортко смотрел Шариков чистой воды. Актёра срочно вызвали на пробы, и он блестяще отыграл эпизод за столом, где Шариков произносит тост: «Желаю, чтобы все!». Толоконников так смачно глотнул из стакана простой воды, которая имитировала водку, так убедительно гмыкнул и хэкнул, что режиссёр утвердил его немедленно.
Роль Шарикова принесла Владимиру Толоконникову невероятную славу и признание. За работу в фильме актёр был удостоен Государственной премии, а на улицах его стали узнавать и обращались не иначе, как Полиграф Полиграфович.
На долгие годы Толоконников стал заложником одного амплуа, но был только рад, что в его карьере случилась такая яркая роль. Он продолжал сниматься в кино, однако новые картины не имели особого успеха.
В середине 2000-х актёр перевоплотился в ещё одного яркого персонажа — сыграл современного старика Хоттабыча в фантастической комедии «Хоттабыч». Картина получила несколько наград, а исполнитель главной роли был удостоен премии «MTV Russia Movie Awards».
Впервые Владимир Толоконников женился на гримёре Алма-Атинского театра, но счастье молодожёнов разрушила трагедия — их первенец погиб во время родов. Страшное горе разобщило супругов и они приняли решение развестись. Владимир тяжело переживал случившееся, переехал жить к маме и начал частенько прикладываться к бутылке.
Так бы и катился на дно, если бы на его пути не появилась очаровательная учительница физики Надежда Березовская. Она сразу поставила условие: будет вместе с актёром, только если тот бросит все вредные привычки. И Владимир сумел ради любимой побороть пагубное пристрастие. Они поженились и были вместе до конца.
В браке на свет появились сыновья Иннокентий и Родион. Старший брат работал директором отца, а младший сам стал актёром — окончил ВГИК, снялся в популярных проектах «Наследники», «Анна детективъ», «Естественный отбор».
Владимир Толоконников много времени проводил на даче, которую построил сам. Особенно актёр любил ухаживать за розами, с которыми даже разговаривал, как с живыми. В 2013 году ушла из жизни любимая жена актёра. Пережить тяжелый период Толоконникову помогали сыновья и работа. Он много снимался, не обращая внимания на плохое самочувствие.
Когда Владимир Толоконников вернулся из Геленджика со съёмок комедии «СуперБобровы. Народные мстители», где играл одну из главных ролей, то почувствовал резкую боль в сердце. К сожалению, спасти 74-летнего актёра не удалось.
Он скончался в ночь с 15 на 16 июля 2017 года. Церемония прощания прошла в московском Доме кино, а похоронили Владимира Толоконникова на Троекуровском кладбище.